Aux îles Galapagos, devant leur faune étrange, Darwin comprend que les êtres vivants n'ont pas été créés mais sont les produits naturels d'une longue évolution. L'Homme, parmi eux, perd son titre de créature de Dieu. Cette élimination radicale du Deus ex machina est-elle la cause du désarroi de ceux qui veulent à tout prix "y croire" ?
Dieu, Darwin et moi a d'abord été conçu comme un geste de défense. L'étalage décomplexé de la foi peut en effet perturber ceux qui comme moi n'ont d'autre religion que la raison. Il est vrai que les croyants ne lésinent pas sur les moyens. Est-ce parce que la présence de l'incroyant leur pose une question lancinante : "Ce dieu, si évident, comment peut-il se faire que certains n'y croient pas ?". L'incroyant, par sa simple existence, est-il la cause d'un doute affreux ? La peur, plus que la charité, expliquerait-elle alors le prosélytisme bruyant du croyant ?